ソフトウェアの著作権について、「知的財産権（特許・商標・著作権）の基礎講座 1.5ソフトウエアの特許について」を参考資料として用います。まずは最初の3段落。

ソフトウエアは、著作権による保護とともに特許権によっても保護されています。著作権はプログラムの表現を保護し、特許権はプログラムのアルゴリズムを保護するといわれています。

では、著作権によって保護されるプログラムの「表現」とは、何でしょうか？プログラムは、プログラムリストという形でプリントアウトもしくは表示できます。著作権法は、これを「表現」としてとらえ、プログラムを著作権によって保護しているのです。換言すると、著作権によって保護されるのは、プログラムそのものであるといえます。

これに対し、特許権によって保護されるのは、プログラムの背後にある技術的「アイディア」です。たとえば、「アイコンの上にマウスカーソルが来たら、そのアイコンの機能を吹き出しのようにして表示する」というアイディアを、最初に考えたのであれば、このアイディアにつき特許を取得することができます。

わかりやすい文章なので、追加説明はなくてもいいくらいですね。

基本的に、著作権で守られるのはソースコード自体であり、設計等のアイディアに属する部分は特許権で守る必要があります。ソフトウェア作者にはそのソフトウェアに関する著作権が発生するけれども、そのアイディアや設計に関しては、特別に著作権以外の手法で守らない限りは、独占的な権利としては認められない、という話です。

ただしソフトウェアの画面等は、グラフィカルデザインやインターフェースデザインといった要素も絡んでくるので、著作権の影響もある程度受けます。この部分に関しては、先に例示したサイボウズ−ネオジャパン裁判の一件が判断基準となるでしょう（この判例はsbに適用できないと主張するのならば、sbがJUGEMのデッドコピーレベルのクローンであるという客観的な証拠を示す必要があります）。

また、

(6)データの構造は特許の対象となるか

上の説明によって、たとえば、新しいデータ圧縮アルゴリズムを考えた場合、「データ圧縮装置」「データ圧縮方法」「データ圧縮プログラム」として特許取得可能であることは理解いただけたと思います。さらに、圧縮後のデータ構造が、圧縮処理に対応して特殊な構造となっている場合、このデータ構造についても特許を取得することができます。つまり、「・・・・の構造を有するデータ」として特許取得可能です。

といったあたりも注目に値します。テンプレート仕様というデータ構造に関しても、特許を取ることによってその独占的な権利を得ることができるわけですね。逆に言うと、特許で守られていないデータの構造に関しては、通常独占的な権利は発生しない（そのデータ形式を扱う他のソフトウェアを作成することが許される）ということになります。もちろんデータ自体（JUGEMが作成したテンプレート）には著作権が発生します。

最後に、著作権と特許権とsb : highbiscus -北国tvより、

モヒカン族の一部はここの切り分けがハンパに思えます。

創作性って凄く繊細はなしで、ちょっとしたことだってほんとは創作者が居るのだ。

勝手にこれをパブリックなんだとか言っちゃうのは失礼な話に思いますよ。

という話ですが、基本的にアイディア（知識）ってものはパブリックなものです。そのごくごく一部だけが、特許権等によって特別に独占的な権利を与えられているのです。創作性に関しては、すべての創作物に著作権が与えられており、著作権者に無許可でのデッドコピーの利用は許されていません。その二つの権利の違いをきちんと切り分けていますか？