PEAR Log_mailが動かないんで、おかしいなーとずっと調べていて、ようやく原因を見つけた。Log 1.9.3ではLog::factoryが生成したオブジェクトのリファレンスを正しく返してくれていないんで、shutdown functionでflushするタイミングでメール送信しているLog_mailでは、shutdown functionがflushするインスタンスと、ログをためているインスタンスが異なるものになってしまって、メールが飛ばないんだった。明示的に$logger->flush();したらメールが飛んだんでようやく気がついた。bug report