最初、

url.rewrite = (
".*\.(js|ico|gif|jpg|png|css)$" => "$0",
"" => "/index.php"
)

としていたんだけど、$_GETが取れないことに気がついた。パラメータはほとんどルーターレベルで解決していたから、ずっと気づかないでいたよ。ひとまず、

url.rewrite = (
".*\.(js|ico|gif|jpg|png|css)$" => "$0",
".*" => "/index.php$0"
)

とかやってごまかしてみた（「/foo?bar=123」が「/index.php/foo?bar=123」なんて感じになるんで、一応QUERY_STRINGは妥当な内容になるはず）けど、ちゃんと「?」以降だけを渡すようにした方がいいんだろうな。