ボクなりに推察すると、掲示板と日記を連動することによって、どのトピックに対しての反応なのかがサイト運営者だけでなく読者にもよくわかる、というメリットの点が結構デカイんじゃないかと思いますね。

「ツッコミ機能」の持つ機能的意義についてはもちろんその通りです。それがなぜ最近になって流行りつつあるのか （←流行りつつあるという証明はなされていないけど）という部分についての理由として、試しにあのような理由を想定してみたわけですね。

まあ実際のところは、「そういうことが（技術的に）可能であるということに気がついた人が増えた」とか「cgiスクリプト書きの人口が増えて、動的webサイトの底辺が広がった」とか、その辺が主要因だろうけど。でもそんな理由は（テキストサイト論的には）つまらない。