Bind9（のFedoraCore1のRPMパッケージ）はデフォルトでchrootするようになっているんだね。んでもって、設定ファイルはchrootの中のほうを変えなきゃだめなんだね。しばらく気づかなかったよ。あとなにやら認証キーみたいな要素も追加されているみたいだけど、まだ未調査。