サーバーの各種モジュールのアップデートを行った際に、mysqlがテンポラリディレクトリとして使用していた/dev/shm以下にアクセスできなくなり、上記ディレクトリにテンポラリテーブルを作成するようなqueryのみエラーになるという症状で、気づくのが遅れました。申し訳ありません。