mb_encode_mimeheader()してから、setSubject()とかしただけだと、"\r"とか"\n"とかが"?"に変換されてしまうんで、

function encode_mimeheader_for_zendmail($str)
{
return strtr(mb_encode_mimeheader($str, 'iso-2022-jp'), array("\r" => '', "\n" => '');
}

みたいなものをかましておくのが正解か*1。

っつーか"?"がZend_Mail内で変換されていたことになかなか気づかなかったよ。てっきりメールサーバーの問題だと思ってしまっていた。